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四維旋轉儀對茉莉酸代謝基因優化??!

返回列表 來源:未知 發布日期:2021-04-12 08:49【

    百香果低溫脅迫下 JA 代謝途徑在其中的響應方式鮮見報道。因此,本研究以 紫果百香果為材料,開展百香果低溫脅迫轉錄組研究, 并從中挖掘 JA 代謝途徑相關的差異表達基因,以期為 進一步研究百香果抗寒機制提供科學參考。Eppendorf 高速冷凍離心機,德國 Eppendorf 公司; 2720 PCR 儀,美 國 Thermo Fisher Scientific 公 司; Vortex-Genie 2 漩渦震蕩器,北京中西遠大科技有限公 司; BE-1100 四維旋轉儀,海門市其林貝爾儀器制造 有限公司; Illumina HiSeq X-Ten 高通量測序儀,美國 Illumina 公司; Eppendorf Realplex4 熒光定量 PCR 儀, 德國 Eppendorf 公司。Eppendorf 高速冷凍離心機,德國 Eppendorf 公司; 2720 PCR 儀,美 國 Thermo Fisher Scientific 公 司; Vortex-Genie 2 漩渦震蕩器,北京中西遠大科技有限公 司; BE-1100 四維旋轉儀,海門市其林貝爾儀器制造 有限公司; Illumina HiSeq X-Ten 高通量測序儀,美國 Illumina 公司; Eppendorf Realplex4 熒光定量 PCR 儀, 德國 Eppendorf 公司。

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    基于 DEGs 分析結果,不同處理和生物重復間百香 果轉錄組相關性分析結果,CK 的 3 個生 物重復樣品與 LT 的 3 個生物重復樣品均分別聚為一 類,不同處理間轉錄組的相似系數介于 0. 573 ~ 0. 761, 說明轉錄組差異基因篩選結果較為可靠。進一步篩選, 低溫脅迫處理后獲得百香果 5 311 個 DEGs, 其中 LT 相 對 于 CK 上調表達基因 數量為 2 533 ( 47. 69%) ,下調表達基因數量為 2 778( 52. 31%) 。高通量轉錄組測序是植物差異表達基因挖掘、代 謝調控網絡構建和生物學機理研究的重要手段。本研 究中,百香果轉錄組各樣品的 Q20 的堿基百分比均大 于 98%,且 Q30 的堿基百分比均大于 94%,GC 含 量介于 45% ~46%之間,Unigene 的 N50 值大于長 度平均值,此外 qRT-PCR 驗證的基因表達趨勢基本與 轉錄組 FPKM 值預測基本一致。因此,所獲得的轉錄 組數據結果較好,能夠滿足后續分析要求。





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